生物化学工程系现有食品科学与工程、生物工程、化学工程与工艺、环境工程、生物技术和应用化学六个本科专业和一个发酵工程硕士点，在校学生1600多人。
　　
　　目前，我系有50余名专业教师、其中正高职称5人、副高职称20名，具有博士学位2人，硕士学位32人。拥有一座使用面积为5000平方米的实验楼和价值近2000万元的实验设备。工科化学实验室为省级基础课程实验室建设单位。发酵工程、应用化学、环境工程为校级重点学科。生物工程为校级示范专业。发酵硕士点是我院首批硕士点之一。
　　
　　近年来，生物化学工程系凭借安徽工程科技学院蓬勃发展的大舞台，科研、教学硕果累累。我系共有3项国家自然科学基金项目，30余项省部级、厅级自然科学基金项目，承担了数十项科技服务项目；近五年教师发表各类学术论文300多篇，sci、ei收录的有10多篇。我系应届毕业生考研录取率从2001年至2003年连续三年全院第一。今年我系学生应届考研又创新高，89名学生达到研究生录取分数线，约占全系应届毕业生总数的25％。
　　
　　我系拥有无机、有机、分析、物化、化工原理、生化、微生物、专业产品分析和仪器测试中心等实验室，有功能食品、食品添加剂、酶工程、膜分离技术、精细化工、应用化学、水处理、发酵工程、细胞工程等十二个专业学科研究室，在校外有一批固定的实习基地，其中四大化学实验室是省级基础课程重点建设实验室。
　　
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