（二）系统结构分析
　　根据对系统结构的分析，按照投资审计工作开展和管理的需要我们将系统分为结算审核、工程成本审计、工程招投标审计、制度支撑等四个子系统。进行系统分析，需要在每个步骤中反复运用分析、评价与综合的方法，要把子系统的约束条件、决策依据、资源条件与其所依赖的环境条件结合起来进行分析。
　　1、结算审核子系统分析
结算审核是工程投资审计的基本工作内容，也是确定工程结算是否合规、准确的重要环节。其目标设定：合理准确地确定工程造价。由此分析得知目标函数的变量为工程量、定额子目、设备材料价格、所执行的计价程序等。约束条件为：投资计划及造价管理部门的批复数，设计图纸及现场签证，建筑安装工程预算定额，费用定额，国家及工程所在地地方政府收费标准等。因此，要确保系统整体优化运行，对于结算审核子系统，应重点做好以下工作：
　　（1）工程量审核。对结算工程量的确认不能单纯依靠设计文件，还要以现场实际为依据。即审计人员必须对照设计图纸、设计变更和现场签证等文件，与现场实际进行符合性测试。这是进行工程量审核的关键。
　　（2）定额子目套用及换算审查。套用子目的原则是施工现场实务过程与定额子目包括的内容或程序基本相符，子目换算也应遵循这一原则。这里要求业务人员对定额子目的设置、划分原则要有深入的了解。
　　定额子目套用上容易出现的另一问题是重复套定额，即有些工序在其主导工序的子目内容中已包括，却又单独拿出来套定额。这要求审计人员必须熟知定额子目包括的内容，并对施工现场有相当的感性认识，从而把好定额套用关。
　　（3）设备材料价格审查。建设工程投资中设备材料费所占比重一般在50%以上，因而对设备材料价格及材料价差应作为重中之重进行审查。主要审查材料消耗量计算是否正确，调差方法与调差范围是否与有关主管部门下发的调差文件相符，设备、材料采购发票是否合法，设备装箱清单中所列各种附件、配件等有无重复计价等问题。
　　（4）费用程序执行情况审查。审核的重点应放在工程类别及其费率取定是否正确，取费标准与其资质等级是否相符，取费基数及计算是否正确，其它费用计取是否符合招投标文件或合同文件的有关规定等方面。
　　2、成本审计子系统分析
　　工程成本子系统的目标函数为确保建设资金合理、合法、合规使用，相应的目标函数变量为人工成本、材料成本、机械成本、其它直接费用成本和间接费用成本等，约束条件则是会计政策、核算办法、费用预算等。工程成本审计与工程结算审计互为补充和验证，前者验证工程项目实际发生的各项支出的真实性、合规性，后者依据实际工作量、预算定额、费用定额和各项收费标准确定项目支出额。工程和财务审计人员根据各自的专业特点，对审计实施过程中发现的问题或依据经验判断容易出现的问题，相互协调配合，共同确定具体审计目标。这种审计方法和程序既是对工程管理和计划管理的监督，也是对会计核算的监督；不仅确保审计终审结论的权威性，而且为公司控制投资规模，加强工程投资管理，提高投资效益起到了监督作用。譬如对设备材料费的核定，工程审计人员提出设备清单和定额材料的数量、价格明细，财务审计人员据此核实“在建工程-设备材料费”的支出明细，共同认定工程项目设备材料的最终投资额，并将终审结果提交给财务部门作为结转工程成本和列转固定资产的依据。
　　3、招投标审计子系统
　　招投标工作一般由工程管理部门组织实施，由于审计人员对具体管理业务的超脱性和传统的审计工作程序要求，往往导致审计人员被排除在招投标工作流程之外。对此应根据国家或行业审计主管部门的规定，主动与工程管理部门协商，落实“先审计，后招标”的原则或将审计工作程序与招投标程序并行。通过积极参与招标文件的会签、标底的编制、开标、评标、定标等全过程的管理工作，了解情况，及时发表审计意见，同时搜集相关资料，为竣工结算审计打下良好的基础。

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